A Estação de Tratamento de Águas Residuais dos Olhos de Água do Alviela, que serve as várias estruturas existentes no Complexo, é um sistema completamente natural e ambientalmente responsável, que se caracteriza pela não utilização de componentes químicos nos seus processos: o tratamento das águas é feito pela acção de microorganismos que absorvem a matéria orgânica.
A ETAR tem capacidade para tratar as águas residuais de 400 habitantes e consegue remover entre 90 e 95% da matéria orgânica.